任何年龄均可患病，潜伏期为2～21天，平均6天；前驱期可有发热、全身不适、头痛、肌痛、嗜睡、腹痛和腹泻等症状。多急性起病，常见症状包括发热、头痛、呕吐、颈强直、抽搐、失语、偏瘫、共济失调、不自运动、精神障碍、意识障碍和脑膜刺激症等。脑炎患者脑实质损害的表现突出，容易出现抽搐、失语、偏瘫，精神及智能障碍；有些慢病毒感染性脑炎以精神异常为主，表现为注意力涣散、行为奇特、反应迟钝、言语减少、情感淡漠，渐出现缄默、木疆状态、生活不能自理、卧床等。脑膜炎患者的头痛、呕吐、颈强直和脑膜刺激征比较突出，局灶性脑损害的表现常出现在后期。重症患者可因广泛脑实质坏死和脑水肿引起颅内压增高，甚至脑疝形成而死亡。病程一般为数日至1～2个月。

病原体通过昆虫叮咬、动物咬伤或输血等方式进入血液，经血行播散进入脑内。孕妇感染时病原体可经胎盘传递给胎儿。脑邻近组织感染时病原体可直接扩散入颅。通过皮肤、呼吸道或胃肠道黏膜感染，病原体可进入血液或沿神经末梢，神经干进入脑内。颅内感染多数无明显季节性，有两种传染性疾病有季节性。流行性乙型脑炎（简称乙脑）多集中在7～9月；流行性脑脊髓膜炎（简称流脑）多发生在冬春季11月至次年5月，3～4月为高峰。

如怀疑颅内感染主要的诊断方法是腰穿脑脊液检查，血常规、脑电图、CT或MRI检查可以协助诊断和鉴别检查。